Biotechnologie4: Exploitation de banques deDonnées Genetique

Joined : 10 Nov 2007 Posts : 90 Localisation : Constantine

LE VOILA HALA:

www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html

السلام عليكم ورحمة الله تعالى وبركاته

Pour facilité l'exploitation d'une banque de donné je vous es préparé des petits schéma pour mieux comprendre, je vous souhéte une bonne lecture
1- tous d'abord vous ouverez la page internet correspendant a votre banque (dans notre cas j'ai choisie GenBank donc: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/
2- une fenétre vas s'ouvrir et là vous suivez les étapes comme l'indique les schémas:

En suite:

Aprés

Aprés:

une nouvelle page apparait, elle contiens tous les informations concernant les traveaux effectué sur cette sp:

Puis:

En fin l'esnsemble de génome de votre organisme apparait:

Je sais que s'apparait long et difficile mais avec l'abitude sa deviens facile, j'éspère que j'ai pu vous expliqué un exemple d'exploitation d'une banque, bonne courage a tout le monde

Joined : 12 Nov 2007 Posts : 11 Localisation : constantine

merci bcp hiba pour ttes ces explications

Joined : 13 Nov 2007 Posts : 12 Localisation : cne

Merci Hiba pour cette illustration. Smile

merci hiba

Joined : 19 Nov 2007 Posts : 65 Localisation : constantine

slt a ts é a tt. voila une éxploitation de Genebank sur la séquence nucléotidique bacterie Zoogleae ramigera que contient la boue activée avec laquelle on compte réaliser notre projet de méthane car c'est cette éspece qui est résponsable de la production de ce biogaz.

Zoogloea ramigera...[gi:216909]

[url=http://lata.forumactif.info/javascript:PopUpMenu2_Set(Menu216909);]Links[/url]

LOCUS PSER16S4 1460 bp DNA linear BCT 27-DEC-2006
DEFINITION Zoogloea ramigera gene for 16S ribosomal RNA.
ACCESSION D14257
VERSION D14257.1 GI:216909
KEYWORDS 16S rRNA; ribosomal RNA.
SOURCE Zoogloea ramigera
ORGANISM Zoogloea ramigera
Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Rhodocyclales;
Rhodocyclaceae; Zoogloea.
REFERENCE 1 (bases 1 to 1460)
AUTHORS Shin,Y.K., Hiraishi,A. and Sugiyama,J.
TITLE Molecular systematics of the genus Zoogloea and emendation of the
genus
JOURNAL Int. J. Syst. Bacteriol. 43 (4), 826-831 (1993)
PUBMED 8240962
REFERENCE 2 (bases 1 to 1460)
AUTHORS Hiraishi,A.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (26-JAN-1993) Akira Hiraishi, Central Research
Laboratories, Ajinomoto Co., Inc., Basic Research Laboratories; 1-1
Suzuki-cho, Kawasaki-ku, Kawasaki, Kanagawa 210, Japan
(Tel:044-244-7181, Fax:044-246-2867)
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..1460
/organism="Zoogloea ramigera"
/mol_type="genomic DNA"
/strain="ATCC 19324"
/db_xref="taxon:350"
rRNA 1..1460
/note="PCR-amplified 16S rDNA"
ORIGIN
1 attgaacgct ggcggcatgc tttacacatg caagtcgaac ggtaacaggg agcttgctcc
61 gctgacgagt ggcgaacggg tgagtaatgc atcggaacgt gccgtgtaat gggggataac
121 gtagcgaaag ttacgctaat accgcatacg ccctgagggg gaaagtgggg gaccgcaagg
181 cctcacgtta tacgagcggc cgatgtcgga ttagctagtt ggtggggtaa aggcctacca
241 aggcgacgat ccgtagcggg tctgagagga tgatccgcca cactgggact cagacacgcc
301 ccagactcct acgggaggca gcagtgggga attttggaca atgggggcaa ccctgatcca
361 gccatgccgc gtgagtgaag aaggccttcg ggttgtaaag ctctttcagg tggaaagaaa
421 tcgcatcttt taatacaggg tgtggatgac ggtaccatca gaagaagcac cggctaacta
481 cgtgccagca gccgcggtaa tacgtagggt gcgagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa
541 agcgtgcgca ggcggttatg taagacagat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg
601 cgtttgtgac tgcataacta gagtacggca gagggaggtg gaattccgcg tgtagcagtg
661 aaatgcgtag agatgcggag gaacaccgat ggcgaaggca gcctcctggg ccagtactga
721 cgctcatgca cgaaagcgtg gggagcaaac aggattagat accctggtag tccacgccct
781 aaacgatgtc aactagttgt tcggtgagga gactcattga gtaacgcagc taacgcgtga
841 agttgaccgc ctggggagta cggccgcaag gttaaaactc aaaggaattg acggggaccc
901 gcacaagcgg tggatgatgt ggattaattc gatgcaacgc gaaaaacctt acctaccctt
961 gacatgccag gaacttgcca gagatggctt ggtgcccgaa agggagcctg gacacaggtg
1021 ctgcatggct gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca
1081 acccttgtca ttagttgcca gcattaagtt gggcactcta atgagactgc cggtgacaaa
1141 ccggaggaag gtggggatga cgtcaagtcc tcatggccct tatgggtagg gcttcacacg
1201 tcatacaatg gtcggtacag agggttgcca agccgcgagg tggagccaat ctcagaaagc
1261 cgatcgtagt ccggattgga gtctgcaact cgactccatg aagtcggaat cgctagtaat
1321 cgcagatcag catgctgcgg tgaatacgtt cccgggtctt gtacacaccg cccgtcacac
1381 catgggagtg gggtttacca gaagtaggta gcttaacctt cgggagggcg cttaccacgg
1441 tgagcttcat gactggggtg
//

Joined : 19 Nov 2007 Posts : 65 Localisation : constantine

et cela concerne le locus (gene) AY859744. c juste pour avoir une idée sur les différent genes de cette éspéce et dont chacun est résponsable d'un carractére donné

AY859744. [url=http://lata.forumactif.info/javascript:PopUpMenu2_Set(Reports58200933)]Reports

[/url] Zoogloea ramigera...[gi:58200933]

[url=http://lata.forumactif.info/javascript:PopUpMenu2_Set(Menu58200933);][/url]

Features Sequence
LOCUS AY859744 844 bp DNA linear BCT 01-NOV-2006
DEFINITION Zoogloea ramigera 16S ribosomal RNA gene, partial sequence.
ACCESSION AY859744
VERSION AY859744.1 GI:58200933
KEYWORDS .
SOURCE Zoogloea ramigera
ORGANISM Zoogloea ramigera
Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Rhodocyclales;
Rhodocyclaceae; Zoogloea.
REFERENCE 1 (bases 1 to 844)
AUTHORS Reiter,B. and Sessitsch,A.
TITLE Bacterial endophytes of the wildflower Crocus albiflorus analyzed
by characterization of isolates and by a cultivation-independent
approach
JOURNAL Can. J. Microbiol. 52 (2), 140-149 (2006)
PUBMED 16541150
REFERENCE 2 (bases 1 to 844)
AUTHORS Reiter,B. and Sessitsch,A.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (17-DEC-2004) Department of Bioresources, ARC Seibersdorf
research GmbH, Seibersdorf, A 2444, Austria
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..844
/organism="Zoogloea ramigera"
/mol_type="genomic DNA"
/strain="Cafi3"
/specific_host="Crocus albiflorus"
/db_xref="taxon:350"
rRNA <1..>844
/product="16S ribosomal RNA"
ORIGIN
1 cggaattctg ggcgtaagcg tgcgcaggcg gttttgtaag actgtcgtga aatccccggg
61 ctcaacctgg gaatggcgat ggtgactgca aggctagagt ttggcagagg ggggtagaat
121 tccacgtgta gcagtgaaat gcgtagatat gtggaggaac accgatggcg aaggcagccc
181 cctgggtcaa aactgacgct catgcacgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc
241 tggtagtcca cgccctaaac gatgtctact agttgtcggg ttttaattaa cttggtaacg
301 cagctaacgc gtgaagtaga ccgcctgggg agtacggtcg caagattaaa actcaaagga
361 attgacgggg acccgcacaa gcggtggatg atgtggatta attcgatgca acgcgaaaaa
421 ccttacctac ccttgacatg gcagaaatcc tcgagagatt gaggagtgct cgaaagagaa
481 tctgcacaca ggtgctgcat ggctgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc
541 ccgcaacgag cgcaaccctt gtcattagtt gctacgaaag ggcactctaa tgagactgcc
601 ggtgacaaac cggaggnaag gtggggatga cgtcaagtcc tcatggccct tatgggtagg
661 gcttcacacg tcatacaatg gtacatacag agcgccgcca acccgcgagg gggagctaat
721 cgcagaaagt gtatcgtagt ccggattgta gtctgcnact cgactgcatg aagttggaat
781 cgctagtaat cgcggatcag catgtcgcgg ngaatacgtt ncccgggtct tgtacacncc
841 gccc
//

Joined : 13 Nov 2007 Posts : 12 Localisation : cne

bonsoir

merci randa, c'est important de connaitre les caractéristques de cette bacterie vu que la boue activée en est trés riche.

merci randa trè bonne idée de donné l'aspect de Zoogleae ramigera et pour la mieux connaitre je te propose la succéssion des acides aminées corréspondant a sont génome pour pouvoir trouvé les protéine coréspondants:
1 mstpsivias artavgsfng afantpahel gatvisavle ragvaagevn evilgqvlpa
61 gegqnparqa amkagvpqea tawgmnqlcg sglravalgm qqiatgdasi ivaggmesms
121 maphcahlag gvkmgdfkmi dtmikdgltd afygyhmgtt aenvakqwql srdeqdafav
181 asqnkaeaaq kdgrfkdeiv pfivkgrkgd itvdadeyir hgatldsmak lrpafdkegt
241 vtagnasgln dgaaaallms eaeasrrgiq plgrivswat vgvdpkvmgt gpipasrkal
301 eragwkigdl dlveaneafa aqacavnkdl gwdpsivnvn ggaiaighpi gasgarilnt
361 llfemkrrga rkglatlcig ggmgvamcie sl

je t'explique: pour lire le code génitique tu déchifre les lettres : a- adénine; g-guanine; c-cytosine; et t-thymine, méme chose ici tu doit utilisé un language spécifique au protéines et pour t'aidé encore je te le propose :

bonne cahance

Joined : 13 Nov 2007 Posts : 12 Localisation : cne

bonsoir
En plus des grandes banques de séquences généralistes telles que Genbank, l'EMBL ou DDBJ
et aussi des banques de donneés pour les protéines ( PIR-NBRT et Swissprot.), il existe des banques de données spécialisées,

[b]Elles ont pour but de recenser des familles de séquences autour de caractéristiques biologiques précises comme les signaux de régulation, les promoteurs de gènes, les signatures peptidiques ou les gènes identiques issus d'espèces différentes. Elles peuvent aussi regrouper des classes spécifiques de séquences comme les vecteurs de clonage, les enzymes de restriction, ou toutes les séquences d'un même génome.

Il existe plus de 250 bases de données d’intérêt biologique spécialisées.

Quelques exemples de bases de données spécialisées :

Bases de motifs nucléiques : Base de facteurs de transcription TFD ou IMD

Bases de motifs protéiques : Prosite. Elle peut être considérée comme un dictionnaire qui recense des motifs protéiques ayant une signification biologique.

Bases de structure : PDB

Bases d’expression : YPD, MGED

Bases de voies métaboliques : KEGG

Bases de cartographie : GDB, MGD

Base de phénotypes : MIM, MIA

[/b]

Joined : 13 Nov 2007 Posts : 12 Localisation : cne

voici quelques liens pour la sélection des banques de données:

1 Banques de données moléculaires :

Séquences primaires :
§ EMBL = GENBANK = DDBJ (toutes séquences nucléiques expérimentales) : http://www.ebi.ac.uk/embl/Contact/collaboration.html
§ TREMBL (traduction automatique de EMBL en séquences protéiques) : http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html
§ dbEST (EST - Expressed Sequence Tags - marqueurs d'expression) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html

Séquences secondaires (non redondantes, dérivées des archives primaires) :
§ SWISSPROT (séquences protéiques annotées manuellement par des biologistes) : http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html
§ EPD (Eukaryotic Promoter Database) : http://www.epd.isb-sib.ch/
§ UNIGENE (clusters d'EST, basés sur dbEST) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=unigene

Structures 3D des protéines :
§ PDB (Protein Data Bank, coordonnées 3D atomes de cristallographie) : http://www.rcsb.org/pdb/

[b]2 Banques de connaissances biologiques :[/b]

Bibliographiques :
</TABLE>§ PubMed (Medline, tous les abstracts d'articles en biologie) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed
§ OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man, maladies génétiques de l'Homme) : http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/

Relationnelles et fonctionnelles(classification, structures, taxonomie etc.) :
</TABLE>§ Taxonomy (phylogénie des espèces) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Taxonomy
§ CATH (Class, Architecture, Topology and Homologous superfamily) : http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath_new/
§ SCOP (Structural Classification of Proteins) : http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop
§ KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, voies et interactions) : http://www.genome.ad.jp/kegg/

Organismes :
</TABLE>§ GDB (Genome Data Base, chez l'Homme) : http://www.gdb.org/gdb/
§ MGI (Mouse Genome Informatics, chez la souris) : http://www.informatics.jax.org/
§ Flybase (chez la drosophile) : http://fly.ebi.ac.uk:7081/

Cliniques :
</TABLE>§ Orphanet (Base de données sur les maladies rares et sur les médicaments orphelins) : http://orphanet.infobiogen.fr/

bonne exploration Smile

Joined : 12 Nov 2007 Posts : 79 Localisation : constantione

SALAML

voila une éxploitation de Genebank sur la séquence nucléotidique pour notre champignon."Aspergillus niger".
LOCUS DJ418050 1920 bp DNA linear PAT 23-MAY-2008
DEFINITION Self-processing Plants and Plant Parts.
ACCESSION DJ418050
VERSION DJ418050.1 GI:189056256
KEYWORDS JP 2007527726-A/24.
SOURCE Aspergillus niger
ORGANISM Aspergillus niger
Eukaryota; Fungi; Dikarya; Ascomycota; Pezizomycotina;
Eurotiomycetes; Eurotiomycetidae; Eurotiales; Trichocomaceae;
mitosporic Trichocomaceae; Aspergillus.
REFERENCE 1 (bases 1 to 1920)
AUTHORS Lanahan,M.B., Bass,S.S., Batie,C.J., Chen,W., Craig,J. and
Kinkema,M.
TITLE Self-processing Plants and Plant Parts
JOURNAL Patent: JP 2007527726-A 24 04-OCT-2007;
Syngenta Participations AG
COMMENT OS Aspergillus niger
PN JP 2007527726-A/24
PD 04-OCT-2007
PF 08-MAR-2004 JP 2007502774
PI michael b lanahan,shiv s bass,christopher j batie,wen chen, PI
joyce craig,
PI mark kinkema
CC
FH Key Location/Qualifiers.
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..1920
/organism="Aspergillus niger"
/mol_type="unassigned DNA"
/db_xref="taxon:5061"
ORIGIN
1 atgtccttcc gctccctcct cgccctctcc ggcctcgtgt gcaccggcct cgccaacgtg
61 atctccaagc gcgccaccct cgactcctgg ctctccaacg aggccaccgt ggcccgcacc
121 gccatcctca acaacatcgg cgccgacggc gcctgggtgt ccggcgccga ctccggcatc
181 gtggtggcct ccccgtccac cgacaacccg gactacttct acacctggac ccgcgactcc
241 ggcctcgtgc tcaagaccct cgtggacctc ttccgcaacg gcgacacctc cctcctctcc
301 accatcgaga actacatctc cgcccaggcc atcgtgcagg gcatctccaa cccgtccggc
361 gacctctcct ccggcgccgg cctcggcgag ccgaagttca acgtggacga gaccgcctac
421 accggctcct ggggccgccc gcagcgcgac ggcccggccc tccgcgccac cgccatgatc
481 ggcttcggcc agtggctcct cgacaacggc tacacctcca ccgccaccga catcgtgtgg
541 ccgctcgtgc gcaacgacct ctcctacgtg gcccagtact ggaaccagac cggctacgac
601 ctctgggagg aggtgaacgg ctcctccttc ttcaccatcg ccgtgcagca ccgcgccctc
661 gtggagggct ccgccttcgc caccgccgtg ggctcctcct gctcctggtg cgactcccag
721 gccccggaga tcctctgcta cctccagtcc ttctggaccg gctccttcat cctcgccaac
781 ttcgactcct cccgctccgg caaggacgcc aacaccctcc tcggctccat ccacaccttc
841 gacccggagg ccgcctgcga cgactccacc ttccagccgt gctccccgcg cgccctcgcc
901 aaccacaagg aggtggtgga ctccttccgc tccatctaca ccctcaacga cggcctctcc
961 gactccgagg ccgtggccgt gggccgctac ccggaggaca cctactacaa cggcaacccg
1021 tggttcctct gcaccctcgc cgccgccgag cagctctacg acgccctcta ccagtgggac
1081 aagcagggct ccctcgaggt gaccgacgtg tccctcgact tcttcaaggc cctctactcc
1141 gacgccgcca ccggcaccta ctcctcctcc tcctccacct actcctccat cgtggacgcc
1201 gtgaagacct tcgccgacgg cttcgtgtcc atcgtggaga cccacgccgc ctccaacggc
1261 tccatgtccg agcagtacga caagtccgac ggcgagcagc tctccgcccg cgacctcacc
1321 tggtcctacg ccgccctcct caccgccaac aaccgccgca actccgtggt gccggcctcc
1381 tggggcgaga cctccgcctc ctccgtgccg ggcacctgcg ccgccacctc cgccatcggc
1441 acctactcct ccgtgaccgt gacctcctgg ccgtccatcg tggccaccgg cggcaccacc
1501 accaccgcca ccccgaccgg ctccggctcc gtgacctcca cctccaagac caccgccacc
1561 gcctccaaga cctccacctc cacctcctcc acctcctgca ccaccccgac cgccgtggcc
1621 gtgaccttcg acctcaccgc caccaccacc tacggcgaga acatctacct cgtgggctcc
1681 atctcccagc tcggcgactg ggagacctcc gacggcatcg ccctctccgc cgacaagtac
1741 acctcctccg acccgctctg gtacgtgacc gtgaccctcc cggccggcga gtccttcgag
1801 tacaagttca tccgcatcga gtccgacgac tccgtggagt gggagtccga cccgaaccgc
1861 gagtacaccg tgccgcaggc ctgcggcacc tccaccgcca ccgtgaccga cacctggcgc
Merci baucoup HIBA,hala...

Joined : 12 Nov 2007 Posts : 79 Localisation : constantione

Voila aussi pour Saccharomyces cerevisiae ,cest trés intéréscent de voire leur séquence nucléotidique.

LOCUS DJ401574 1692 bp DNA linear PAT 23-MAY-2008
DEFINITION Cloning of gluconate dehydratase gcnD gene.
ACCESSION DJ401574
VERSION DJ401574.1 GI:189077643
KEYWORDS JP 2007527855-A/17.
SOURCE Saccharomyces cerevisiae (baker's yeast)
ORGANISM Saccharomyces cerevisiae
Eukaryota; Fungi; Dikarya; Ascomycota; Saccharomycotina;
Saccharomycetes; Saccharomycetales; Saccharomycetaceae;
Saccharomyces.
REFERENCE 1 (bases 1 to 1692)
AUTHORS Doering,V., Thibaut,D., Kuraimaiya,A. and Marliere,P.
TITLE Cloning of gluconate dehydratase gcnD gene
JOURNAL Patent: JP 2007527855-A 17 04-OCT-2007;
Evologic S A,Maliere Technologies Societe Civile,Rhodia Chimie,
Philippe Marliere
COMMENT OS Saccharomyces cerevisiae
PN JP 2007527855-A/17
PD 04-OCT-2007
PF 24-JUN-2004 JP 2006516047
PR 02-DEC-2003 EP 03027750.3,24-JUN-2003 EP 03013457.1 PI
volker doering,denis thibaut,annette kuraimaiya,philippe PI
marliere
CC
FH Key Location/Qualifiers
FT CDS (1)..(1692).
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..1692
/organism="Saccharomyces cerevisiae"
/mol_type="unassigned DNA"
/db_xref="taxon:4932"
ORIGIN
1 atgtctgaaa ttactttggg taaatatttg ttcgaaagat taaagcaagt caacgttaac
61 accgttttcg gtttgccagg tgacttcaac ttgtccttgt tggacaagat ctacgaagtt
121 gaaggtatga gatgggctgg taacgccaac gaattgaacg ctgcttacgc cgctgatggt
181 tacgctcgta tcaagggtat gtcttgtatc atcaccacct tcggtgtcgg tgaattgtct
241 gctttgaacg gtattgccgg ttcttacgct gaacacgtcg gtgttttgca cgttgttggt
301 gtcccatcca tctctgctca agctaagcaa ttgttgttgc accacacctt gggtaacggt
361 gacttcactg ttttccacag aatgtctgcc aacatttctg aaaccactgc tatgatcact
421 gacattgcta ccgccccagc tgaaattgac agatgtatca gaaccactta cgtcacccaa
481 agaccagtct acttaggttt gccagctaac ttggtcgact tgaacgtccc agctaagttg
541 ttgcaaactc caattgacat gtctttgaag ccaaacgatg ctgaatccga aaaggaagtc
601 attgacacca tcttggcttt ggtcaaggat gctaagaacc cagttatctt ggctgatgct
661 tgttgttcca gacacgacgt caaggctgaa actaagaagt tgattgactt gactcaattc
721 ccagctttcg tcaccccaat gggtaagggt tccattgacg aacaacaccc aagatacggt
781 ggtgtttacg tcggtacctt gtccaagcca gaagttaagg aagccgttga atctgctgac
841 ttgattttgt ctgtcggtgc tttgttgtct gatttcaaca ccggttcttt ctcttactct
901 tacaagacca agaacattgt cgaattccac tccgaccaca tgaagatcag aaacgccact
961 ttcccaggtg tccaaatgaa attcgttttg caaaagttgt tgaccactat tgctgacgcc
1021 gctaagggtt acaagccagt tgctgtccca gctagaactc cagctaacgc tgctgtccca
1081 gcttctaccc cattgaagca agaatggatg tggaaccaat tgggtaactt cttgcaagaa
1141 ggtgatgttg tcattgctga aaccggtacc tccgctttcg gtatcaacca aaccactttc
1201 ccaaacaaca cctacggtat ctctcaagtc ttatggggtt ccattggttt caccactggt
1261 gctaccttgg gtgctgcttt cgctgctgaa gaaattgatc caaagaagag agttatctta
1321 ttcattggtg acggttcttt gcaattgact gttcaagaaa tctccaccat gatcagatgg
1381 ggcttgaagc catacttgtt cgtcttgaac aacgatggtt acaccattga aaagttgatt
1441 cacggtccaa aggctcaata caacgaaatt caaggttggg accacctatc cttgttgcca
1501 actttcggtg ctaaggacta tgaaacccac agagtcgcta ccaccggtga atgggacaag
1561 ttgacccaag acaagtcttt caacgacaac tctaagatca gaatgattga aatcatgttg
1621 ccagtcttcg atgctccaca aaacttggtt gaacaagcta agttgactgc tgctaccaac
1681 gctaagcaat aa